在京本科与研究生有两个校区，一个是含有远程与继续教育学院的东校区，一个是含有研究生院的主校区，这两个校区就是街对面，开学早在正月十四就报到完毕了。专科有北京交通大学燕郊职业技术学院和北京交通大学清河职业技术学院两个校区。同时在深圳有北京交通大学研究院。目前在北京市平谷有在建的本科生平谷校区，还有个四五年估计就完工了。